来料加工手册的办理，加工贸易经营企业必须是具有进出口经营权的各类进出口企业和外商投资企业，以及经批准获得来料加工经营许可的对外加工装配服务公司，加工贸易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证（执照）的工厂。
经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记；申请备案的加工贸易合同已经由商务主管部门审核批准；
手册适用范围：来料加工和进料加工
手册以进出口合同为基准，一票对应一票，进口时办理登记，出口时办理核销，若转为内销则需要补交进口关税；
手册有效期为1年，有两次延期的机会。每次延期期限为半年，第二个半年到期未办理核销的企业，转稽私部门。
办理流程
1：到商务部取得《加工贸易业务批准证》和《加工贸易企业生产能力证明》
2：到注册地海关办理加工贸易手册，一定要找注册地代理报关行办理手册，需要有特定的系统；所需资料为：
（1）外经贸主管部门按照权限签发的《加工贸易业务批准证》商务局办理
（2）外经贸主管部门签发的《加工贸易企业生产能力证明》商务局办理
（3）加工贸易合同或合同副本（以复印件备案的必须加盖企业公章）
（4）工商营业执照、国税部门备案证明（来料加工除外）
（5）已填写合同内容并加盖企业公章的《登记手册》－－海关领取
（6）加工合同备案申请表（4份）及“企业加工合同贸易备案呈报表”海关领取
（7）属于加工贸易国家管制商品的，需交验主管部门的许可证件按要求
（8）产品生产工艺流程需制作，
（9）为确定单耗和损耗率所需的有关资料－需制作，
（10）工贸、外贸公司需提供国内加工企业的承揽合同或外贸代理合同和加工企业
保函－－按要求；
（11）其他需要的单证－因为所有办理手册的资料是由企业提供到报关行，再由
报关行去办理，所以此处包含所有报关行所需要的其他单证。若企业不办理手册，可以按照一般贸易进口，缴纳关税增值税。
三．商务部领取《加工贸易业务批准证》和《加工贸易企业生产能力证明》
2．生产能力证明（办理期间可能需要验厂）：
（1）先网上填好相对应的表格，申报后，下载一式3份生产能力证明
（2）营业执照；
（3）法人机构代码证
（4）税务登记证；
（5）进出口权资格证书或备案（若企业为无进出口权还应提供场地证明或产权证明或租房协议、主要设备发票复印件等）；
（6）上年度审计报告（新成立企业提供验资报告）（复印件）。
3．加工贸易批准证报批：所需资料
（1）加工贸易业务（合同）批准证申请表
（2）进口料件、出口成品及单耗申请备案清单（进料加工一式三份、来料加工式二份）；
（3）进出对口的进（来）料加工贸易合同，或非对口的进口合同及相应的制成品加工出口合同；
（4）与加工企业签订的制成品加工合同；

（5）加工贸易企业生产能力证明

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